En 1860, un groupe de notables de Trois-Rivières fondent le Collège de Trois-Rivières. Saint Joseph est retenu pour être son patron. « Religion et Patrie » est sa devise.

En 1874, le Collège est remis au diocèse de Trois-Rivières qui en fait son séminaire diocésain sous le vocable de Séminaire Saint-Joseph des Trois-Rivières.

Jusqu'à la fin de l'année scolaire 1967-1968, le STR dispensera le cours classique. II est affilié à la Faculté des Arts de l'Université Laval qui décerne à ses élèves le Baccalauréat ès arts.

En septembre 1968, le Séminaire devient une école secondaire et offre à ses élèves le cours secondaire de formation générale sanctionné par le Ministère de l'Éducation.

Depuis qu'il dessert la population de la grande région trifluvienne, le Séminaire a contribué à la formation de nombreux personnages ayant fait leur marque dans les domaines les plus divers de la société trifluvienne, québécoise et canadienne en politique, dans les arts, les sciences, la littérature, les sports, etc.

Le Séminaire est devenu mixte en 1998 et offre toujours le service de pensionnat aux garçons.